理事会负责为香港中文大学（深圳）教育基金会的发展提供意见及协助大学筹募资金。其辖下的秘书处负责基金会拓展筹募、基金管理及日常行政工作。

第三届理事会成员

                                                                               理事长 

                                                                               杨国华博士    香港中文大学（深圳）校长办公室主任

                                                                               副理事长 

                                                                               徐扬生院士    香港中文大学（深圳）校长

                                                                               理事

                                                                               唐杰教授        深圳市原副市长，哈尔滨工业大学（深圳）经管学院教授

                                                                               高文院士        北京大学教授，鹏城实验室主任

                                                                               徐晨教授        深圳大学副校长

                                                                               吴港平先生    承安并购主席

                                                                               赵丽娟女士    汇景控股有限公司董事，香港教育大学校董会司库

                                                                               李学金教授    香港中文大学（深圳）协理副校长兼科研处处长

                                                                               蔡小强教授    香港中文大学（深圳）协理副校长

                                                                               卢国师先生    香港中文大学（深圳）校长助理兼发展处处长

                                                                               秘书长

                                                                               李夏琳先生    香港中文大学（深圳）大学拓展处处长